Les Nefs sont de grandes halles industrielles qui servaient jadis à la construction navale.  Après avoir eu des usages transitoires, notamment d'entreprôt commercial, elles ont été restaurées dans le cadre du projet de transformation du site des anciens chantiers navals. Elles constituent un espace couvert de plus de 10 000 m² qui fonctionne en continuité avec les espaces publics extérieurs. Les facades Ouest et Est sont habillées de bardage en tôle ou de panneaux translucides, les pignons, d'un système de rideau de toile en PVC de couleurs vives de grande dimension.

Elles sont conçues pour accueillir différents programmes, pérennes ou évènementiels, dans des volumes autonomes glissés sous la structure couverte. C'est ainsi qu'ont été installés à l'été 2007 l'atelier de construction et la galerie d'exposition des Machines de l'île, de part et d'autre d'une rue centrale Nord-Sud dans laquelle déambule le grand éléphant.

La Fabrique viendra quant à elle s'adosser à la partie Sud-Est des Nefs.