L'implantation du Palais de justice sur l'île de Nantes, face au centre historique et à la passerelle piétonnière Schoelcher, est antérieur au projet urbain puisqu'elle date de 2001. C'est en revanche un élément important dans sa mise en route. Il s'accompagne de la requalification du quai François Mitterrand et des berges de Loire, jusqu'alors utilisés comme parking sauvage pour les voitures.

L'architecture contemporaine et imposante du Palais de justice proposée par Jean Nouvel suggère par ses volumes, sa géométrie implacable, son jeu d’ombre et de lumière, la puissance et la force de la justice.

La façade opposée à la Loire, qui donne sur la rue la Tour d'Auvergne, est ouverte sur un jardin de frênes, contrastant avec 1500 tonnes d'acier du bâtiment. Cette forte présence du métal est notamment une référence au riche passé industriel de l'île de Nantes.